נילי בוגרת הפקולטה למשפטים באוניברסיטה העברית (שנת 2002) בעלת תארים LL.B. LL.M (בהצטיינות יתרה), עם התמחות במשפט מסחרי וכן מוסמכת במנע"ס (M.B.A) בהצטיינות, התמחות מורחבת באסטרטגיה ויזמות האוניברסיטה העברית (שנת 2017).

נילי חברה בלשכת עורכי הדין בישראל מאז שנת 2003 ומוסמכת בגישור ע"י לשכת עורכי הדין.

נילי חברה בסניף הישראלי של ALAI ארגון זכויות היוצרים העולמי.

עיסוקה העיקרי הוא בליווי וטיפול משפטי של לקוחות המשרד וטיפול בתחומי הליטיגציה במשרד, בהתקשרויות וניהול מו"מ, וכן יועצת משפטית לוועדות מכרזים של ארגונים שונים (ביניהם עמותות ומלכ"רים, מוסדות השכלה גבוהה ותאגידים מכוח חוק). בעברה כיהנה נילי כתובעת לענייני משמעת בנציבות שירות המדינה וכן כפרקליטה בפרקליטות מחוז ירושלים (אזרחית). מתוקף הכשרתה וניסיונה נילי בעלת ידע נרחב בהליכים  משפטיים אזרחיים, מנהליים, בדיני עבודה, בדיני קניין רוחני, בייעוץ לדיורים מוגנים ובתי אבות ואף כיהנה בעבר כמנהלת בית דיור מוגן.

בשנת 2019 יצא לאור בהוצאת נבו, ספרה של עו"ד נילי שגיא על חוק הדיור המוגן, בו היא מביאה מניסיונה בחיי המעשה כמנהלת בית דיור מוגן בשילוב עם ניתוח משפט של הוראות החוק, התקנות וההסדרים הרגולטוריים בתחום הדיור המוגן.

  נילי מוסמכת לטפל, ללוות ולערוך ייפוי כוח מתמשך בהתאם להכשרה על פי דין מטעם האפוטרופוס הכללי ומשרד המשפטים.